Bei Kontrollen der Schlachthöfe durch die zuständigen Kreisverwaltungsbehörden, die Regierungen und teilweise begleitend das Bayerische Landesamt für Gesundheit und Lebensmittelsicherheit (LGL) waren immer wieder Verstöße gegen geltende Vorschriften festgestellt worden. Beispielsweise auch im Rahmen einer unter Beteiligung des LGL entstandenen Dissertation, die Kontrollen zwischen Januar 2014 und Januar 2015 beinhaltet und im Frühjahr 2016 veröffentlicht wurde.
Große Schlachthöfe sollen nach einem aktuellen Entwurf des Verbraucherschutzministeriums von der Reform der Veterinärverwaltung in Bayern umfasst sein. Im Ergebnis soll eine völlig neue Behörde für die Kontrolle komplexer Betriebe in Bayern entstehen. Scharf: "Wir möchten die Kontrollen in Bayern noch schlagkräftiger gestalten. Die Kontrolle von komplexen Betrieben wird in Zukunft neu organisiert. Wir schaffen für die komplexen Betriebe eine neue starke und bayernweit zuständige Kontrollbehörde." Die neue Behörde soll Anfang 2018 die Arbeit aufnehmen. Neben den 71 Landkreisen werden auch die elf kreisfreien Städte ohne eigenes Veterinäramt in die Reform einbezogen. Um einen nahtlosen Übergang der Kontrollen von Schlachthöfen auf die neue Kontrollbehörde sicherzustellen, hat Verbraucherschutzministerin Scharf die Spezialeinheit des LGL mit der Durchführung eines neuen "Sonderkontrollprojekts Tierschutz" an Schlachthöfen beauftragt. Im Jahr 2017 werden im Rahmen des Projekts unter Leitung des LGL größere Schlachtbetriebe kontrolliert.
Aktuell führt das LGL bereits ein Kontrollprogramm in Schlachthöfen durch. Schwerpunkt sind die Eigenkontrollsysteme der Schlachtbetriebe im Bereich Tierschutz. In allen größeren Schlachthöfen in Bayern überprüft das LGL dabei, ob das verpflichtende betriebseigene Tierschutzkonzept tatsächlich in der Praxis durch das Betriebspersonal umgesetzt wird. Außerdem ist die Erstellung von neuen Schulungsunterlagen vorgesehen. Das Kontrollprogramm findet neben den Regelkontrollen durch die Behörden vor Ort statt.
Nutztiere dürfen nur nach den strengen Vorgaben des Tierschutzrechts geschlachtet werden. Verstöße sollen sowohl durch strenge behördliche Kontrollen als auch durch wirkungsvolle Eigenkontrollen unterbunden werden. Um die Schlachthofbetreiber für ihre besondere Verantwortung zu sensibilisieren, fand im Juli 2016 mit Beteiligung des LGL eine Tierschutzfachtagung für alle größeren Schlachtunternehmen statt. Dabei wurden die Betriebe nachdrücklich auf ihre Verpflichtung zur Sicherstellung des Tierschutzes hingewiesen. Das Verbraucherschutzministerium hat seit Juni 2016 die Fortbildung des amtlichen Kontrollpersonals speziell im Tierschutz intensiviert.