Längere Trockenphasen haben Folgen für die Menschen, die Umwelt und auch für die Landwirtschaft. Deshalb soll das Wasserangebot in Bayern durch eine ganzheitliche Niedrigwasservorsorge flächendeckend in hervorragender Qualität erhalten bleiben. Dazu wird in einem Pilotprojekt im unterfränkischen Raum Schweinfurt-Kitzingen ein konkreter Leitfaden zum Umgang mit Niedrigwassersituationen entwickelt. Die Ergebnisse sollen anschließend auf andere Regionen übertragen werden. Darüber hinaus führt der Freistaat breit angelegte Renaturierungen an Gewässern durch. Durch die naturnahe Gestaltung der Ufer soll das Wassers länger in der Landschaft verbleiben können, ohne Schäden anzurichten. Im Falle von extremen Trockenereignissen ist die Überleitung von Altmühl- und Donauwasser in das Regnitz-Main-Gebiet ein Grundpfeiler zur Versorgung Nordbayerns mit ausreichend Wasser. Seit Inbetriebnahme der Überleitung in 1993 pumpte das System über 3 Milliarden Kubikmeter Wasser in den Norden des Freistaates, das entspricht etwa dem Volumen des Starnberger Sees. Um das auch in Zukunft bestmöglich nutzen zu können, plant der Freistaat hier weitere Investitionen. So soll etwa die Verfügbarkeit der Pumpleistung am Main-Donau-Kanal erhöht werden, beispielsweise durch weiter optimierte Kühlung von Motoren und Trafos.
 
Infolge der seit einigen Wochen herrschenden Trockenheit sind auch aktuell die Wasserstände in bayerischen Gewässern zum Teil deutlich zurückgegangen. An mehreren Stellen wird bereits der langjährige mittlere Niedrigwasserabfluss unterschritten. An der Rednitz und Regnitz werden die Abflüsse durch das Überleitungssystem Donau-Main gestützt. Auch einige oberflächennahe Grundwassermessstellen weisen niedrige Grundwasserstände auf. Insgesamt ist die Situation derzeit aber wesentlich entspannter als vor einem Jahr.